縣財政局設下列內設機構：

辦公室、人事科、預算科、國庫科、綜合科、行政事業財務管理科、社會保障科、經濟建設科、農業農村科、政府債務管理科、政府采購管理科、會計科、機關黨總支、作風效能辦。