縣交通運輸局設下列內設機構：

辦公室、法規(guī)科（行政服務科、執(zhí)法監(jiān)督科）、財務審計科、運輸管理科、建設管理科、鐵路科、安全和環(huán)保科（應急辦公室）、交通基礎設施應急處置辦公室、機關黨委（黨建辦）、港口管理科。