縣公安局設下列內設機構：

辦公室、政治處、人民警察培訓學校、政務服務管理大隊、警務保障室、信訪科、審計科、指揮中心、法制大隊、警務督察大隊、科技信息化大隊、政治安全保衛大隊、單位內部安全保衛大隊、治安警察大隊、刑事警察大隊、經濟犯罪偵查大隊、禁毒大隊、食品藥品和環境犯罪偵查大隊、巡特警大隊、網絡安全保衛大隊、交通警察大隊、出入境管理大隊、海防大隊、如東縣看守所、車輛管理所、如東縣拘留所、機關黨委、城中派出所、掘港派出所、城南派出所、馬塘派出所、曹埠派出所、岔河派出所、新店派出所、雙甸派出所、袁莊派出所、栟茶派出所、河口派出所、豐利派出所、洋口派出所、經濟開發區派出所、長沙派出所、大豫派出所、劉埠海防派出所、小洋口海防派出所、洋口港海防派出所、環港海防派出所、九龍海防派出所。