縣水務局設下列內設機構：

辦公室（財務審計科）、工程規劃建設管理科（監督科、河長制工作科）、水資源管理科（政策法規科、行政服務科、執法監督科）、三峽移民科、農村水利與水土保持科、安全生產監管科、機關黨總支。