南通外向型農業綜合開發區機構設置：

（一）辦公室

（二）財審局

（三）經濟發展局

（四）規劃建設局

（五）綜合行政執法局

（六）安全生產監督管理局

（七）農村工作局

（八）縣自然資源和規劃局外農分局

按照有關法律、法規和政策規定，設立區（街）人大工委、紀工委、工會、共青團、婦聯、人民武裝等組織。建立基層政協聯絡工作機制。